В 1931 году отец Иоанн был приговорен к пяти годам заключения и отправлен в Вишерские лагеря, где пробыл до февраля 1933 года, когда власти заменили ему концлагерь ссылкой с прикреплением к определенному месту жительства. Так он оказался в городе Камышине Сталинградской области.
А 1 октября 1934 года отец Иоанн снова был арестован. На допросах он держался мужественно и просто. После окончания следствия священник Иоанн отбывал ссылку в г. Камышине.
Уже 16 сентября 1934 года, по его приглашению, на жительство в Камышин приехал архиепископ Прокопий (после окончания своей ссылки в апреле 1934 года). В Камышине Владыка Прокопий и о. Иоанн организовали домашнюю церковь, где тайно совершали богослужения и ежедневное молитвенное правило. В конце октября 1934 года они были арестованы по доносу запрещенного епископом Сталинградским Петром (Соколовым) за неблаговидное поведение священника Георгия Чудновского.
Однако 17 марта 1935 года Особое Совещание при НКВД приговорило архиепископа Прокопия и священника Иоанна Скадовского к пяти годам ссылки в Каракалпакию в город Турткуль, куда они прибыли 7 мая того же года. Поселились они в одном доме. Вскоре к ним приехала жена отца Иоанна, Екатерина Владимировна, отдавшая всю свою жизнь помощи ссыльному духовенству. Два года прожили здесь архиепископ и священник. Они устроили в доме небольшую церковь и часто служили, не отказывая и тем из живших в поселке, кто желал исповедаться или причаститься. И народ потянулся в убогую келию подвижников за мудрым советом и духовным утешением.
24 августа 1937 года архиепископ Прокопий и священник Иоанн Скадовский были арестованы. Хотя допросы в то время проводились с применением пыток, архиепископ и священник держались мужественно.
Через месяц следствие было закончено. Обвинительное заключение гласило: «Прибыв в ссылку в город Турткуль... Титов... и Скадовский... организовали нелегальную молельню, в которой занимались совершением религиозных обрядов и сколачиванием религиозной контрреволюционной группы...»
Еще через месяц, 28 октября, Тройка НКВД приговорила архиепископа Прокопия и священника Иоанна к расстрелу. 23 ноября 1937 года архиепископ Херсонский Прокопий (Титов) и священник Иоанн Скадовский были расстреляны и погребены в безвестной общей могиле.
Священномученики Прокопий и Иоанн прославлены в лике местночтимых святых Священным Синодом Украинской Православной Церкви в 1996 году. На Юбилейном Архиерейском Соборе в августе 2000 года они были прославлены в лике новомучеников и исповедников для общецерковного почитания.